Após ser fundada por Madara e liderada por Pein, a organização passou a reunir ninjas com habilidades únicas e muito poderosas. Inicialmente seu objetivo era o de coletar dinheiro para a organização poder se manter, onde quem administrava o dinheiro era um dos dez membros, Kakuzu. A segunda meta era a de criar uma maneira de conseguir capturar os Bijuus, com isso veio a criação de um dos mais poderosos Fuuinjutsus, o Genryuu Kyuu Fuujin. Suas metas também incluem adquirir contatos e aliados em diversas vilas, ou seja, espiões da Akatsuki. Porém sua meta pricipal é a de coletar todos os nove Jinchuurikis e extrair seus respectivos Bijuus. Segundo Pein, com o poder dos nove Bijuus a organização criaria uma arma de imenso poder para assim mergulhar as vilas no caos e na dor, mas seus objetivos verdadeiros ainda são um mistério. Itachi Uchiha e Jiraiya possuem uma teoria em comum, a de que Madara Uchiha foi o responsável pelo ataque da Kyuubi no Youko, onde a mesma acabou sendo selada em Naruto Uzumaki; porém Tobi (que diz ser Uchiha Madara) afirma que tal acusação é falsa, mas no mangá 440, o Yondaime Hokage revelou para seu filho, Naruto, que foi Tobi o responsável do ataque da Kyuubi, mostrando que de fato, Tobi mentiu e que ele está usando a Akatsuki para algo maior que está planejando.